2003年7月5日，75岁的吴仁宝隐退。数十年时间，吴仁宝成就了华西村“中华第一村”的美誉。
“趁脑子不太糊涂的时候退下来，把年轻的换上去。”吴仁宝这样解释他提早退休的原因。而媒体之所以热炒此事，流露出的意思是：“退”与“不退”之间，对于华西村这样一个“准家族企业”而言，或许象征意义要大于实质意义。
华西村有25个副书记，仅吴仁宝的儿子、女婿，就占据了4个席位；其中，他的小儿子吴协恩是新任村党委书记，也即“一把手”。但对于外界的猜测，吴仁宝否认是在搞“世袭制”。
在“老书记”的称号名不副实之后，吴仁宝仍在华西集团公司中担任副董事长、副经理和总办主任。值得一提的是“总办”，是由党委任命、委托的，党委的措施及设想落实时，由总办去监督；落实得不好，总办就有权干预。
退休后的他谦逊地说，“没有吴仁宝，华西还会好”，而他对华西村的贡献却有目共睹！
