虽然基金折算保证金比例的上限分别为80%和90%，但分析人士认为，这并不意味着同类型的基金都会是相同的折算比例，封闭式基金的流动性不足可能成为充抵保证金中的“绊脚石”。

    在《融资融券交易试点实施细则》讨论稿中，基金折算保证金的基础是基金的净值或者市价。有关人士分析，对于能够进行交易的基金（包括ETF、封闭式基金和LOF）来说，合理的折算基金应该是市价，特别是封闭式基金，现在许多大盘封闭式基金的折价率接近50%，这些基金不可能按照基金净值折算，基金净值只是封闭式基金的虚拟价值。而对于上证基金通的基金将按照基金净值充抵保证金。

    然而，除了ETF以外，封闭式基金和LOF基金的流动性严重不足，大盘封闭式基金的日换手率只有0.5%左右，LOF基金的换手率更低，部分LOF基金甚至出现单日无一笔交易现象。

    业内人士分析，LOF基金的流动性不足有补救措施，由于LOF基金可以到一级市场赎回，即使二级市场的换手率很小，其基金的整体流动性也不受影响。需要担心的是封闭式基金，这类基金不仅换手率低而且持有人非常集中，能否顺利变现是一个问题。

    如果保险公司等持有规模巨大的持有人把封闭式基金抵押给证券公司进行融资融券，一旦封闭式基金的价格大幅下跌，接近或者是达到了证券公司的强制平仓底线，证券公司可能无法顺利的变现。甚至可能出现证券公司持有的封闭式基金成为其他投资者“狙击”的对象，该封闭式基金市价非理性下跌，证券公司持有的封闭式基金更难卖出。