不少专家表示，随着营改增全面深入推进，就这一改革本身而言，也还有多项制度亟待再造。
“营改增试点仅靠新设11%和6%两档税率是不够的。增值税制亟待再造，以更好地适应试点范围扩大的需要。”杨志勇表示，“新增的增值税纳税行业与传统增值税纳税行业的不同特点决定了税收征管方式和征管重点亟待转变。营改增不仅试点范围扩大，而且未来行业将进一步推广到邮电通信、铁路运输、建筑安装等多个领域，那么类似的问题将更加突出。”
“以进项税额来说，就有很多突出问题：哪些可抵扣？哪些不能抵扣？抵扣发票容易获得吗？购进服务的税额怎么抵扣？一些小企业会不会因此无法生存？小企业会不会出现名义税负下降而实际税负上升？无形服务的出口怎么退税？出口退税制度如何适应这些来无影去无踪的服务？”面对扩围带来的一系列问题，杨志勇不无担忧地说，“这些都需要未雨绸缪。”
此外，不少专家认为，目前营改增的两种分成方式也亟待转变。目前营业税收入归地方，增值税收入则是按照75%和25%的比例由中央和地方分成。为了推动改革并支持地方财政收入，目前试点地区营改增的收入100%返还地方。
“在地方政府财政收入增速放缓背景下，要推广营改增改革，如果不理顺如何划分收入的关系，则改革会面临地方阻力。”财政科学研究所副所长刘尚希表示，增值税改革继续推广，税收收入如何划分问题需要尽快理顺。
中国社科院财经战略研究院院长高培勇认为，营改增涉及分税制。1994年提出的分税制目标是“钱和权同层对接”，现今提出的支出责任和财力是“钱和钱对接”，不能体现分税制的灵魂。“这点在此次营改增中更为凸显。伴随着营改增改革，分税制将向何处去必须回答。”
“税务机构再造需要提上议事日程。”杨志勇称，营改增后的增值税要和个人所得税、社保收费（或未来的社保税）等的征收管理统筹进行。政府课税应以纳税人方便和征税成本最低为前提。国地税务机构再造必须服从这一前提。从增值税的征收管理来看，国税具有优势，但地税对营改增所涉及的行业更为熟悉，国地税对营改增行业的税收征管各有优势。国地税在特定条件下有分设的必要，但如今随着信息化工作的进展，为了更好地为纳税人提供服务，有效地整合税收征管力量，国地税合作甚至合并都应提上议事日程。
也有专家表示，目前来看，建立营改增推进的长效机制更为关键。这种长效机制是在深化财税体制改革的进程中，将有关减税免税措施常态化，继续从体制和政策层面为小微企业创造良好环境，以促进它们的健康持续发展，并发挥最大的就业吸纳器的作用。
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