9月5日，据香港大公网报道，正当港交所宣称仍希望阿里巴巴来港上市时，有消息指，香港证监会（下同）并不打算为阿里巴巴提出的合伙人制度开绿灯，意味阿里巴巴来港上市的大计可能触礁。假使阿里巴巴仍决定在港上市，并非最大股东的董事长马云，可能丧失对公司的控制权。
阿里巴巴集资规模逾千亿港元，是否在港上市，有机会影响港交所今年是否可以重夺失去一年的全球集资王宝座，但马云为确保自己上市后的控股权，提出的双轨制及合伙人方案，违反目前香港的上市规定。是确保集资金额，还是要坚持制度，令港交所为难，早前即有消息传出，港交所游说港府放宽合伙人制度。不过，早前港交所主席周松岗拒绝回应有关传闻，仅称个别情况需视乎提出申请后才定，又重申港交所将继续尽力吸引具质素的企业来港上市。
马云仅持有一成股权
不过，作为香港金融市场 最后防线的证监会并不卖帐，有消息指，证监会已召开董事局会议，对任何会被视为对阿里巴巴作出豁免，使其不需遵守现行上市规定的改变都予以否决，其中包括允许阿里巴巴采取合伙人架构上市的建议。不过，亦有接近监管机构人士称，由于阿里巴巴仍未递交上市申请，因此证监会并未就阿里巴巴上市问题开会，但消息亦指出，证监会对合伙人制持否定态度。
阿里巴巴的股权问题，起源于2005年雅虎斥资10亿美元，购入阿里巴巴集团40%股份，此后，以马云为首的阿里巴巴创业团队，一直为公司的绝对控制权而斗争。目前，阿里巴巴董事会四人，分别是雅虎的杰奎琳雷瑟斯、日本软银的孙正义，及阿里巴巴的马云、蔡崇信。
由于马云及整个管理层，目前仅持有约10.4%的阿里巴巴股权，而日本软银及美国雅虎，则分别持有36.7%和24%股权，两家外资的投票权和董事席位，足以控制整个公司。因此，为避免上市后控制权旁落，马云曾先后抛出双层股权方案及合伙人方案，以确保自己能有效管理公司，但两种方案均不是目前香港上市规定所容许。
美国监管较港更严
事实上，马云亦不希望股权问题长期影响公司发展，阿里巴巴此次上市，高达150亿美元的集资额中，其中近半（约70亿美元）即是用作向雅虎回购约一成的股权。至于会否选择在容许双层股权或合伙人方案的美国上市，有分析指，阿里巴巴曾在香港上市，熟悉香港监管政策，而美国监管更为严厉，阿里巴巴亦可能要面对更多法律诉讼及风险，因此对马云来说，香港仍是较好的选择。
何谓合伙人制
所谓合伙人方案，即是由一批被称为合伙人的人，对董事会的人选进行提名，而非按照持有股份的比例，来分配董事提名权。合伙人只能提名董事，但不能直接任命，董事的任命仍需经过股东大会投票通过。
不过，就算股东否决了有关提名，但合伙人仍然可以继续提名，直到董事会由合伙人提名的人选构成为止，这使公司实际上可由少数管理层掌控。
目前包括马云在内的管理层，仅持有阿里巴巴的约10%股权，而公司的两大股东软银和雅虎，则持有阿里巴巴36%和24%的股权。马云等管理层虽然只持有少数股份，但却希望能对公司拥有更多的实际控制权，因此才提出合伙人方案，以便在上市后继续掌控公司发展。据《华尔街日报》引述消息人士称，大股东软银和雅虎虽然不在合伙人之列，但已经批准了这方案。
除合伙人方案外，亦有双层股权结构方案，即将股票分为A和B两个系列，A系列普通股，发行予外部投资者，每股只有一票投票权，而管理层持有的B系列普通股，每股则有多票投票权（通常为10票），使管理层拥有的投票权，大大超过其持股比例。美国目前允许双层股权结构，如Google、Facebook和百度等都采用这样的结构。香港目前认为，两种方案都违反股权平等原则，损害小股东利益，因此均禁止。但本港股市仍有历史遗留下来的太古A及太古B，类似于双层股权结构。
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