冯兴元指出，发展非公有制经济是在国企做大做强的前提下，这实际上仍然是不平等的表现，国有企业表面上需要做大做强、增值保值，但这样做的结果就是行政垄断化更为严重，其背后就是民营企业的运作空间变窄。因此甚至会是一种倒退。
《决定》提出，划转部分国有资本充实社会保障基金。完善国有资本经营预算制度，提高国有资本收益上缴公共财政比例，2020年提到30%。对此，冯兴元表示，到2020年国有资本收益上缴公共财政比例才提升至30%，这个速度过于缓慢，这个比例应从现在就开始进行提升，在3年内就应达到30%的标准，而非等到2020年。这个过程过于缓慢了。冯兴元指出，国企的利润都是国家的，无论上缴公共财政的部分，还是没有上缴的部分，都是国家的。国有企业往往做大成本，实际上已经侵占了利润。比如行政垄断企业经管人员的工资和其他待遇往往很高。 行政垄断企业往往占据产业链上游，采取于高定价，这样下游的民营企业和消费者必须买单。行政垄断企业所获利润如果上缴30%，只是政府与这些企业分肥的表现。其他竞争性领域的国企利润与政府分享性质一样，也属于分肥制。这些国企，比如国有房地产企业直接参与与民争利，楼市价格上窜也有国企的很大一份功劳。国企改革的核心不应是改变国有企业上缴利润的比例，而是如何让国有企业退出竞争性行业，退出营利性行业。
冯兴元表示，《决定》中提到的国有资本投资项目允许非国有资本参股、提升上缴公共财政比例等，总体上都是国企改革的进步。但是这些内容却回避了改革的实质，未能切中核心内容。国有企业仍然占据对于基础和重要行业的垄断地位，而民企难以进入这些领域，且只能接受这些行政垄断企业的高定价。改革应当不允许国企与民争利。目前国企不仅在这些领域强化垄断，而且不断侵占民企原有占据的地盘，比如两油对成品油零售市场的侵占就是如此。在石油行业和其他类似行业，政府虽然规定了民营企业在一些环节的准入，但是实际操作的结果是，由于其他环节没有放开，民企面对的往往是"弹簧门或者"玻璃门"。遇到前者，民企进入之后还会被弹回。遇到后者，民企只能隔着玻璃观赏业内美景。只要行政垄断部门不是全面对民企开放，民企就会仍然处在被国企欺压的状态。房地产市场的实例也说明，只要允许国企肆意运作，民企的运作空间就会受到大大的挤占。
《决定》强调积极发展混合所有制。冯兴元在此强调，不应混淆了市场经济的概念，市场经济应由供求双方的市场互动形成价格，价格引导供求。市场经济首先遵循保护个人基本权利的原则，其次要求遵循辅助性原则，对市场和社会提供辅助性支持。这种运作符合自然法要求。混合所有制经济抛弃了这些原则，是不讲原则的经济，是讲特权的经济。实际上由于国有企业和国有控股的大量存在，减少了民企和整个经济体系的活力。最终容易导致中国长期陷入"中等收入陷阱"。如果实行国有控股，会总体上降低民资的利用效率，需要解放思想，转换观念，使得国有资本至少退出国有控股状态，这样能够总体上提高民资和国有资本的资源配置效率。民企能做的领域就不需要国企。而混合所有制则方便了国企坐拥资本和规模优势，在一些重要领域"圈地"。
对于《决定》中关于允许企业员工持股的提法，冯兴元评论说，这种做法能够提高企业员工对企业的拥有感，并从其持股中获利。这在国外也存在。不过员工持股本身也有问题，就是员工作为劳动力与"资本家"之间存在一定的张力关系：作为劳动力，员工愿意多休假，多拿工资；作为"资本家"，员工愿意利润倾向于最大化。但是由于员工占股往往有限，员工主要的意向仍然是多拿工资，少干活。因此，这种员工持股估计总体上不能较大程度改进国企管理效率。
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