审计署对交通运输部2013年度预算执行情况和其他财政收支情况的审计报告，让交通运输部下属的海事局备受瞩目。
在这份报告披露的众多审计问题中，金额最大的几项均与海事局有关。
报告称，2007年和2013年，部本级和所属交科院、海事局扩大支出范围使用财政资金3556.31万元，其中2013年3510万元。
截至2013年底，部本级和所属海事局超编制配备公务用车41辆，使用产权属于机关服务中心的公务用车1辆，以前年度购置的车辆资产43.87万元未纳入财务账统一核算。
2013年，所属海事局5批次外宾接待宴请均在准5星级以上酒店举行，人均超标准173.35元。
2007年至2013年，所属海事局未经批准将总造价2150.69万元的53艘海事巡逻船无偿调拨给无隶属关系的各地方海事局及其下属企业使用。
一位地方海事局的内部人士表示，外界往往误认为海事局只是个事业单位，实际情况远非如此，海事局机关人员属于公务员编制，地方编制内人员属于参公待遇。在中央驻地三大口岸单位（海事、海关和检验）中，海事部门竞争最小，而提拔最快，同时，由于海事部门自身保留了一些三产，小金库也多。而随着近期国家对海洋事业的日益重视，海事部门的待遇和地位也有所提高。
除了海事局之外， 这份审计报告重点审计了交通运输部部本级和所属水运科学研究所、科学研究院、公路科学研究所（以下分别简称水运所、交科院、公路所）等11个单位，并对有关事项进行了延伸审计。
此次审计的严苛和审计项目的详细，在历次审计中都是极为罕见的，一些金额仅为几十万元的违规开支也被列入报告之中。
报告称，2013年，所属交通国际合作事务中心自定标准收取护照、签证代办费合计25.30万元。
2012年至2013年，所属公路所下属公司购买78.5万元的购物卡发放给公路所部分职工，其中2013年49.9万元。
此次审计报告并未将交通运输部下属的一些协会的收支情况列入，而实际上，这些协会中的“猫腻”也着实不小。
一位云南省的交通行业人士向21世纪经济报道记者表示，他在向交通部门申请项目审批的时候就遇到众多坎坷，他表示，一开始地方交通部门让他找当地的住建部门办理，等那边批下来了再找交通部门，通过多部门和层层报批，此事最终申报到国家交通运输部门，但最后他的项目还是没审批下来，网上公布的原因只有简单的一句话，说资质不符合。“我曾经打电话过去询问，到底哪方面的资质不符合，对方也没有跟我详细解释，就说以网上公布为准。”
该行业人士表示，后来他通过多种渠道向业内人士咨询，才知道原来有些获得路条的企业走了行业协会的路子，这些协会很多都是退休后的部领导担任会长，跟部里有着千丝万缕的关系，通过向协会交赞助费、会费等形式，企业就能跟部里的一些掌握审批权的领导搭上关系，最后顺理成章地拿到项目。
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