林毅夫教授治学十分勤奋，加之发展经济学和中国经济改革与发展问题涉及面十分广泛，所以林毅夫教授的研究领域比较广泛，形成了十分丰富的学术思想。不过，他的这些学术思想并非杂乱无章，而是“一以贯之”，建立在要素禀赋、政府的发展战略及其内生形成的政策制度基础之上，并以企业的自生能力为微观基础。
　　他十分强调制度的内生性，早在80年代后期，他就认为中国传统计划经济体制内生于重工业优先发展的赶超战略，而不是社会主义的本质特征，经济体制改革成功的前提是放弃推行带有赶超色彩的发展战略。 　　
　　他一直主张市场取向的改革，认为只有实行市场经济，理顺市场价格体系，形成比较充分的市场竞争环境和信息指标体系，才能为国有企业改革创造良好的外部条件，卸除国有企业背负的政策负担(包括社会保障负担和执行赶超战略的负担)，培育国有企业的自生能力，是国有企业改革取得成功的关键。 　　
　　在深入研究中国和东亚地区经济发展问题的基础上，林毅夫教授总结了世界各国经济发展的经验教训，提出了自己独特的发展经济学理论假说。 　　
　　针对我国的金融体制改革问题，林毅夫教授指出，金融体系的基本功能在于动员资金和配置资金，资金动员的能力其实决定于配置的效率。
　　中国是个农业大国，农业、农村和农民问题始终是我国改革和发展中的根本性问题，林毅夫教授正是从研究农业问题入手，走上经济学研究之路的。关于中国农业问题，他始终坚持推行市场取向的改革。
　　林毅夫教授的制度经济学研究在国际经济学界享有盛誉。