1）贷款利率不同。住房公积金贷款利率比商业银行住房贷款利率大约低1%，五年（含五年）以下公积金贷款年利率为3．6%，商业银行同期个人住房贷款利率为4．77%，五年以上住房公积金住房贷款年利率为4．05%，商业银行同期个人住房贷款利率为5．04%。 2）贷款对象条件不同。公积金贷款对象是北京公积金系统公积金缴存人；个人住房贷款有年龄上限，而公积金住房贷款没有。 3）担保方式不同。商业贷款一般是在房产证抵押登记前采用开发商阶段性连带责任保证担保方式，在抵押登记后采用抵押的担保方式。公积金贷款担保方式主要是北京市住房贷款担保中心所提供的连带责任担保。 4）费用对单笔贷款最高额度规定不同。商业银行住房贷款对单笔贷款最高额度没有规定，而公积金贷款目前最高只能够贷40万，信用等级为AA的最高不超过46万，信用等级为AAA的最高不超过52万。 5）担保单位不同。为二手房的购买者办理商业贷款提供阶段性担保的单位一般是房地产经纪机构，即中介公司，而公积金贷款的担保单位则是北京市住房担保中心。 6）放贷时间不同，普通商业贷款最快的在过户当天就能够放贷，较慢的也只需要15个工作日左右的时间；而公积金贷款需等过户后拿到房产证，并做完房产抵押登记后才能放贷。
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