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董辅礽教授在半个多世纪的经济研究生涯中，在多个领域有非常重要的建树。特别是在1978年以来的20多年时间里，他对我国的改革开放、经济发展和市场经济体制的建立立下了不可磨灭的理论功绩。
他在当代中国经济学界有独树一帜的地位：第一，他在多个领域有开拓性贡献。他不仅在中国经济的微观基础方面有引领时代前进的开拓性创见，而且具有把脉宏观经济的精湛“医术”。不仅在我国经济改革的最重大的各个问题上都有前瞻性的、富有远见的独特理论，而且在我国的发展问题上也有许多新的贡献。第二，他的许多重大主张在提出时大都不是那个阶段的主流思想，但多年之后再回头来看，当年的主流大多被实践无情地淘汰，官方文件里的概念和大众的观念却与他多年前的思想相当吻合。所有制改革、经济体制改革的目标模式、混合经济、非公经济的理念、公有制实现形式、国有企业改革思路和市场经济的要件等等莫不如此。第三，他的创造力持续时间长。许多经济学家只是在人生的某个阶段有创见，但董辅礽教授自步入经济学殿堂以来，在能够从事正常研究的每个阶段都有贡献。第四，他在影响经济发展的多种渠道上都留有深刻的烙印。他不仅通过发表大量的文章为经济发展献计献策，而且利用在人大和政协的独特地位，发挥积极的作用。第五，他的理论自成体系，以一贯之，没有相互矛盾的地方。他的所有制理论和市场经济理论是其中的灵魂和红线，他的国有企业改革理论、发展理论和证券期货理论在某些方面是前述理论的应用。
他的理论贡献大致可以分为改革和发展两方面。
在改革方面：
1978年，在中国第一个提出了所有制改革问题。提出要实行“政企分离”和“政社分离”。
1980年，在中国第一次把所有制改革和引入市场机制结合起来。改革一开始，就主张引入市场机制，主张由市场来调节经济的运行。从1980年开始就明确主张取消指令性计划，反对把指令性计划与市场捏在一起的“双重体制”，他最先意识到传统公有制及所有制结构同市场经济不相兼容的问题，明确提出要引入市场机制必须改革公有制。
1985年，明确提出社会主义经济是以公有制为主导的多种所有制的混合经济。提出非公有制经济是社会主义经济不可分割的组成部分并作了著名的论证。
1987年，不赞成用生产力的多层次性来论证多种经济成分并存的必然性，认为多种经济成分之所以共存是因为各种经济成分各有强点和弱点，只有共存才能强化强点、弱化弱点。 由此认为，发展多种所有制不是初级阶段的权宜之计而是必须长期坚持的方针。
应该说，在80年代，董辅礽教授对我国经济体制改革目标的认识最清晰、最超前、最彻底，最终确立的经济体制目标与他在80年代的主张最吻合。第一，他不仅彻底否定传统计划经济，而且不赞同当时主流的计划与市场的各种结合模式，旗帜鲜明地主张把市场机制作为经济的主要调节手段、主张建立商品经济。他所说的商品经济是不折不扣的市场经济的代名词，因为他把市场放到了资源配置的基础性地位。而当时多数经济学家都把计划与市场的某种结合作为改革的目标模式。第二，更重要的是，他提出的所有制结构改革和国家所有制改革使市场、经济有了赖以确立的微观基础。这更是市场经济的实质性内容，这是当时许多人没有认识到的问题。即使在今天，他在80年代关于市场经济的微观基础的认识仍然是超前的，因为，他主张的是公有制为主导，而现在的主流观点仍是公有制为主体，虽然对“主体”的解释不断变化，已经接近“主导”的含义，但毕竟没有正式放弃。
90年代初。又提出从国有企业的功能出发分别不同类型改革国有企业的观点。
1993年提出社会主义市场经济就是社会公平和市场效率的结合。他指出，由指令性计划经济向市场经济转变过程中，会出现调节的真空地带。论述了市场经济的有序与无序问题，指出了市场经济有效运作的条件和不能有效运作的原因。
1995年，系统提出了“按照社会主义市场经济的要求，从企业功能出发，对国有企业进行分类改革”的主张。即国有企业原则上应该从竞争性领域退出，只在非竞争性领域保留国有企业。
1997年，进一步提出，要从宏观和微观两个方面改革国有企业。并提出共同所有制和公众所有制理论，认为二者都是公有制的实现形式。
在发展方面：
50年代在苏联留学期间，董辅礽教授曾提出了著名的“董式模型”。
1980年作为发起人之一，组织了我国最早的经济发展战略研究，提出了经济发展战略转变的若干方面。
1986年在一片非难声中，积极捍卫“温州模式”把农村非公有制的非农产业的发展看成是改变我国二元经济结构的有效途径。他关于传统在发展中的意义、发展的代价、二元经济结构的例外、国家的大小给经济发展带来的差异等问题的论述，发展了发展经济学。
1986年，主张超越梯度发展理论，提出向西开放，加快西部发展。
1993年，将他的所有制理论和市场经济理论运用到证券市场，极力主张让国有股和法人股流通。明确提出培育机构投资者的主张。
1993年，是我国实施可持续发展战略的最早倡导者之一，对可持续发展的若干方面做出了独特的阐述。
1994年，作为我国《期货交易法》起草小组组长，认为期货市场是我国社会主义市场经济体制不可分割的组成部分，主张从期货市场的不可替代功能来论证期货市场存在的必要性。
2000年，提醒在西部大开发中要高度重视利益关系问题，等等。
在宏观经济方面，董辅礽教授的主要贡献不在于另起炉灶提出了新的宏观经济理论，而是表现在他对我国宏观经济运行的把握上。正如有医学知识的人很多，但医术高明的人并不多。1992年以来的实践证明董辅礽教授是我国宏观调控的一个高明的“医生”，在几个关键时期他的判断完全正确。在上一轮宏观调控中，他在1996年4月的全国人大财经委的经济形势分析会上就指出已经出现了有效需求不足，要增加流动资金，增加基础设施建设投资，防止经济惯性下滑。有人当场批评他，说这是实行罗斯福的“新政”，会使宏观调控前功尽弃。但他坚持自己的判断。到1998年2月，全国人大财经委审查1998年的经济计划、财政预算和货币计划时，当时经济下滑的势头已经相当严重了，但为了防止宏观调控“前功尽弃”，当时的计划、预算和货币政策仍是从紧的取向，计划投资增长10%，财政预算计划减少100亿元的赤字。董辅礽教授明确指出政策取向不对、预算的方向不对。他说应该加大投资的增长率，计划投资增长10％保证不了8％的GDP的增长率，投资起码应增长15％。同时，为了增加有效需求，应实行扩张性的预算，而不应实行紧缩性预算，应增加财政赤字，而不应减少100亿元财政赤字。虽然国家计委采纳了他的意见，在向全国人大报告经济计划时加了“以上”两个字，即固定资产投资增长10％以上，但他关于预算的意见未被采纳，全国人大通过的预算仍继续实行紧缩的财政政策。结果经济迅速下滑。到了8月份不得不修改预算，全年增加了500亿元财政赤字，增加发行1000亿元的特别国债。但时间已经耽误了。由于经济已经在惯性下滑，要想再把它拉动起来就要费九牛二虎之力，付出的代价很大。这里当然有亚洲金融风暴对出口的影响问题，也有过去重复建设造成的问题，但是这些都是次要的，主要问题是政策上没有及时调整，长期坚持实行紧缩的政策，必定会导致这样的结果。
董辅礽教授不仅在理论上有创新，而且在立法实践上也表现了他的远见。从1988年至1998年，他连任两届全国人大财经委员会副主任，参与了大量的经济立法工作，特别是在八届全国人大期间，他是财经委员会内具体分工负责经济立法工作的副主任委员之一。他是《期货交易法》的起草领导小组组长，在厉以宁教授转任法律委员会副主任后又具体分管《证券法》起草的后续工作。当时，有关部门打算将厉以宁教授主持起草的《证券法》推倒重来，另外提出一个草案，要它从属于《公司法》，只管股票的交易等等。董辅礽教授从我国证券市场长远发展需要出发，代表财经委顶住压力，坚持《证券法》原草案。否则，我国《证券法》将不是目前这个样子，无法成为既规范证券发行又规范证券交易的母法。
董辅礽教授是有世界影响的中国经济学家。他的足迹遍布全球80多个国家和地区。他在美、英、法、德、日等国的多所著名大学、研究机构和国际组织做过访问教授和从事讲学活动。1988年，英国剑桥大学“马歇尔讲座”邀请他于1991年去讲学。这个讲座两年举办一次，大多是诺贝尔经济学奖的得主主讲。能够主讲“马歇尔讲座”，是世界性的荣誉，中国人还从未踏上过这个讲台。1988年5月，法国政府为表彰董辅礽教授的学术成就和在国际交往中做出的贡献，授予他军官级学术勋章。1991年6月，应孟加拉国政府的要求，董辅礽教授曾向来访的孟加拉国总理齐亚夫人介绍中国的乡镇企业情况。1997年5月，法国总统希拉克访华几次提出会见董辅礽教授，但因在希拉克总统来华前，董辅礽教授到美国访问去了，无法赶回。
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