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政治上的明争暗斗和严重的官僚作风使东道主在做前期准备工作时浪费了宝贵的时间。于是，为了让计划中的场馆设施等项目能按时完工，希腊政府不得不花费额外的精力和金钱。
“出手晚、时间紧是希腊政府负担沉重的主要原因。”澳大利亚奥委会主席科特斯分析说，“4年前澳大利亚政府举办奥运会下手较早。”
工期延误
由于场馆建设必须符合国际奥委会的标准，使得希腊不少原有的场馆不得不拆了重建，这就在一定程度上增加了建设成本。
而且，工程还拖延，按照主持并负责监管雅典奥运会工程的德国工程师洪特的说法，很多工程不但规模大，而且用途都是没见过的。
由于希腊人的工作时间较少，许多政府部门一般是上午八九点上班，下午一两点下班，使得筹备的前几年比较放松，从而造成了工期的拖延，这就不得不增加对于场馆的维护、管理的费用，超支也在“情理之中”。
安全费用
其次，安全方面的支出是史无前例的。
在美国方面不断施压下，希腊不得不拿出12亿美元用于安全保护，这相当于4年前悉尼奥运会安全费用的3倍。为了防止奥运会由于恐怖主义袭击等原因而被迫取消，国际奥委会还首次为雅典奥运会投下了1.7亿美元的巨额保险。
交通设施
第三，交通建设的支出也是庞大的。以轻轨和电车为例，两者的支出超过预算1.2亿欧元，其中电车的支出从原来的3.46亿欧元增加到4.06亿欧元。
经验缺乏
最后，百余年之后再次面临承办奥运会的希腊缺乏一定的经验，对奥运会的开销估计不足。
在1997年获得2004年奥运会主办权之后着手筹备的进度很慢，最初的3年没有什么成就，尤其是1999年发生的地震导致143人死亡，2000多人受伤的事实使得奥运会筹备工作受到一定程度的影响。直到2000年受到国际奥委会的警告后，希腊人才开始真正着手筹备工作。这种经验的缺乏和一些客观因素必然造成筹备成本的增加。
近几个月以来，赞助商们普遍认为，奥运会的投入能给他们带来的回报不够。
