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“煤电之争”的说法已经存在了较长时间，并在最近一两年达到了高潮。但有专家指出，这样的说法，其实掩盖了其他很多更根本的问题，比如运力的投资体制问题，也存在着与煤炭市场化的定价机制不相符的一面。在煤与电之间，有许多流通环节的利润盘剥者。如果不解决这些问题，即便是煤电联营也难以化解宿怨。
煤炭行业的价格实际与电力、铁路、公路等部门有着复杂的关系。电厂对外供电的每度电耗煤量是标煤而非原煤；到厂标煤价应为原煤出厂价加运费后，再折算成标煤价。也就是说，煤炭行业说合理的煤价是坑口价，电力行业说过高的煤价是到厂煤价。
今年以来，一吨大同煤的出矿价是160块钱，运到上海用煤企业的最终价格却在500块钱左右，这中间包括了铁路运费、海运运费、码头装卸费等等，其中，仅海运费就上涨了一倍还多。而计划外煤炭价格则更高。如果以煤炭的坑口价格计算，各项非煤费用的总和，占到了终端用户煤炭价格总成本的75％左右。
因此，尽管煤炭价格已经创出历史新高，但是当前煤炭坑口价并不高，而是煤炭流通中间环节抬高了终端用户煤炭价格水平。
除了中间环节，政府也是煤价升高的一个不可忽视的因素。一些主营煤炭业务的上市公司纷纷发布公告，称因提取煤炭生产安全费用和煤矿维简费，使成本费用支出增加从而影响到公司利润。山西省此前也宣布，多年来一直收取的煤炭“出省费”还将继续征收，去年的标准是每吨煤炭加收10元的生产补贴和5元的维简费。
在电力系统内部也有加价的因素。厂网分家后，燃料供应部分由各地的电力燃料集团来供应。而电力燃料集团给电厂的煤加价一般在吨煤50元。
因此，有调查表明，对煤炭企业来说，煤炭价格上涨仍属恢复性质，个别地区如东北和西北多数企业电煤价格还没有达到福州订货会吨煤上调12元的要求，新疆煤炭销售价格还略有下降。内蒙古东部地区和黑龙江、吉林省部分煤炭企业的煤炭特别是电煤价格，还低于1997年的水平。
与此同时，生产资料价格大幅增长，煤价上涨的收益大部分被抵消。以华东地区为例，商品煤综合售价由1997年的211．42元／吨增加到2004年4月的238．93元／吨，增幅13．01％。但电力综合价格由1997年的0．312元／度上涨到2004年4月的0．5元／度，增幅60％（今年6月份电价调整后，增幅更大）。钢材平均价格由1997年2819元／吨增加到2003年的3361元／吨，增幅19．23％。汽油由1997年的2230元／吨上涨到2003年的4100元／吨，增幅79．82％。柴油由1997年的2080元／吨上涨到2003年的3564元／吨，增幅71．35％。以上数据表明，煤价涨幅大大低于主要外购原材料和电力价格的涨幅，成本的上涨抵消了煤炭产品价升的部分收益。电力行业虽是煤炭涨价的受害者但也从多次电价上调中得到了适当补偿。而且根据计算，电力成本中的燃料成本仅占30％，这个数字与电力企业自己的计算相差甚远。同时电力企业的环境成本也比国外低，目前我国的电力企业很少有脱硫设备，外部经营环境宽松，然而我们的电价和国外发达国家电价处在同一个水平，很多地方还高于发达国家。
所以说，目前电煤供求矛盾，有来自煤电油运供求关系普遍紧张大环境的影响，还有来自运输瓶颈制约、煤炭资源品质结构不合理等方面的原因，还有国际动力煤市场和国际、国内石油等相关产品价格的影响。因此，煤电价格联动并不能化解煤炭市场存在的全部问题。
当然其中最关键的还在于价格程序失控。一头积极向市场化迈进，另一头仍牢牢被计划控制，这种机制下的煤价联动只能是有名无实。
有煤炭界人士就认为，电价由国家管制的现状短期内不会改变，即使电价同煤价一起实现市场化，今后随意调整电价的可能性仍很小，电价的制定权仍在于发改委，而联动之下，计划的电价肯定会制约煤价，使煤价离市场越来越远。
在支持电力体制改革的人士看来，已经形成的竞价上网方案有利于促进电厂进行成本核算，形成市场竞争。可是正在报批中的煤电联动机制则回到了成本定价的老路，不利于打破垄断，还会助长电厂在生产中不加节制的浪费。
更有人士把煤电价格联动称为饮鸩止渴。虽然作为一种过渡办法，电煤价格联动或许有助于缓解目前煤电“顶牛”的局面，但它却破坏了市场规则。煤电价格联动机制由国家发改委来制定，它既是市场化的东西也是行政手段，其实还是由政府来制定游戏规则。
同时，它将火电厂与水电厂、核能电厂区别对待，实际上是通过国家政策帮助市场中的一部分企业取得市场竞争力，在电力行业内部也会引发新的矛盾。
煤电联动在技术上也存在难题，如煤电联动的数据采集，数据的准确性，煤电双方认可的权威发布机构，煤电联动信息的发布，煤电联动的范围以及价格变动幅度等问题。煤价上升，电价就上升，如何控制企业的利润，如果电力企业仍不合理地浪费成本，而由用户来承担涨价部分，显然并不公平。
因此，“煤电价格联动”是眼下缩小煤电矛盾的一个办法，真正解决问题的，还是要让电力跟上煤炭市场化的改革进程，而不是让煤炭后退迁就电力。
国务院发展研究中心产业部副部长冯飞博士认为，中国的能源产业正处在由计划经济向市场经济的艰难转型之中，两种经济模式的并存和角力，使中国的能源链难以避免地出现了种种问题。具体到煤电之争，根本出路是消除制度障碍，转变政府职能和改革投融资管理体制。杜绝政府对市场的不当干预，真正由市场机制来决定供求关系，在煤炭和电力两个行业建立规范、通畅的进入和退出机制，鼓励各类资本在符合产业政策、安全标准的前提下进入煤炭、电力市场。
