反对服贸协议的诉求主要有认为协议内容不对等：认为大陆对台湾的限制过多，包括规定台资必须拥有大陆从业资格、建筑工程要求、与大陆机构合作、必须在福建省注册等。其他的合资、合作企业，几乎也限制了必须由大陆投资者主导，台湾股权不可超过50%等等。综观下来，包括了限制地域（福建广东）、限制执业资格（会计师必须符合中国会计资格）、限定金融商品种类（上述提到的符合条件）、限定控股权等等。
经济规模不对等：两岸经济规模并不对等。大陆的经济规模远大于台湾。以银行业为例，大陆银行业的资产是台湾的20倍左右，利润更是台湾银行业的40倍。台湾人还觉得令人担忧的是大陆国有企业的利润以及国有企业可从政府获得各种补贴。这种经济规模的不对等，造成双方在该项目的交换也是不对等的。
自由环境不对等：很多台湾人担心因为两岸自由环境不一样，造成不利台湾的不公平竞争，认为如果台湾的法律不周延、执法不完整，大陆企业将会藉由自由环境不对等机会进行不公平的竞争。
大陆劳工与移民就会大举入侵：台湾社会广泛流传，服贸协议施行大陆劳工与移民就会大举入侵，台湾劳工就会失业，台湾出版业就会被大陆把持，服贸协议只照顾大企业，忽视中小企业。网络上更有有人说大陆人士只要花600万元新台币就可以移民，说花多少亿就可让多少大陆人士变台湾人、领台湾身分证、甚至参与选举投票等。
协议签署过程不透明：一些人认为服贸协议在签署前，台陆委会声称基于保密原则，内容不可透露给立法院知道，导致立法院无法监督内容。而协议相关的产业评估报告，则交由仅有18位员工的商业司负责，将业者沟通的业务外包给不明究理的业者办理，因此许多业者完全没有受过谘询，或是根本不知道是服贸协议的调查。
综述，部分台湾人认为这个协议不具备对等性。如公司必须在福建省注册，不允许跨境服务；大陆在台湾可以独资，台湾人去大陆却需要合资等等。这些不对等的条文导致中国和台湾处于不公平的位置竞争。还有一个考量是所谓“安全问题”，担心协议可能会导致更多大陆人移民到台湾，一些台湾人担心会对台湾的社会及政治产生影响。
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