一直到上个世纪的80年代，苏联实行的都是单一的银行体制，由一家中央银行加上少数几家专业银行构成，中央银行下设许多单位，体系庞大，结构单一，几乎包揽了所有的银行业务，既管货币政策、货币发行，也开展个人储蓄、企业存贷款等具体业务，使得中央银行的职能一直不明确。同时在当时计划经济体制下，苏联的金融机构是代表国家管理金融业务的，是一个行政单位，不是市场的，财政要拨多少款给企业，银行就得拨，没有盈利的目标和任务，利率常年不变，银行的自主性和自我约束力都不够，没有良好的信用基础，这对后来的由单一银行体制转向二级银行体制的改革有着深远的影响。
到1988年，苏联储蓄银行和外经银行等率先从原来单一银行体制中分离出来，随之又出现了股份制商业银行。但是，由于当时总体上改革仍在计划体制框架内进行，因而银行体制依旧保留了原传统体制下的银行体制的特点，二级银行体制并未从法律上得到明确规定。
1990年12月2日，当时的俄罗斯联邦苏维埃最高委员会主席叶利钦签署了《俄罗斯联邦中央银行(俄罗斯银行)法》和《银行及银行活动法》，在法律上明确了二级银行体制，并对中央银行和商业银行的职能作了区分。自此，苏联中央银行的职能转向宏观调控和监管全国金融体系的安全，不再负责具体的结算业务，真正成为“银行的银行”。苏联解体后，大大小小的商业银行如雨后春笋般出现在了俄罗斯。
商业银行病态发展
俄罗斯的商业银行采用股份制，绝大部分是公司和个人持股，包括外国公司和外国个人持股,国家直接控制的银行只有俄罗斯外贸银行(中央银行控股)、俄罗斯外经银行(财政部控股)和俄罗斯储蓄银行(中央银行控股)等少数几家银行。
俄罗斯商业银行的发展速度很快，1993年有1700多家，分支机构3100家；1994年发展到2000多家，分支机构4500家；1995年达到近2500家，分支机构5500家；1996年登记注册的商业银行为2600家，实际进行经营的约2300家，分支机构44000家。
这些商业银行分布集中，大部分在比较发达的欧洲部分，特别集中在莫斯科，同时这些新兴的商业银行的规模也普遍比较小，实力相差也比较大。俄罗斯所有商业银行的资本金总额还不及西方国家一家大银行的资本金多，俄全国银行资本仅相当于国内生产总值的42.1%，而欧盟国家的平均水平是280％。这些银行成立时间短，区域局限性强，加上缺乏有经验的金融专业人员，银行业务经营种类单一，管理不善，往往成了经济动荡的头号牺牲品，这些脆弱的银行在金融危机爆发的时候丝毫没有抵抗力。
1997年到1998年由于受金融危机的影响，俄罗斯的商业银行的数量开始萎缩，到2001年还在营业的商业银行仅剩1300家左右。到2003年3月初为止，在俄联邦领土上有权经营银行业务的信贷组织1332家(金融危机后新建20多家)，分支机构3308个。银行地区分布仍然极不平衡，1332家银行中分布在中央联邦区的就有741家，占55.6%，其中仅莫斯科市和莫斯科州就有666家，占全部银行总数的50%。
由于俄罗斯经济形势长期动荡不定，大批企业亏损、破产，因此，俄罗斯大部分商业银行的主要经营活动集中在投机交易、债券和房地产投资等方面，不愿意进行产业投资。这实际上造成一种恶性循环，由于资金不足，生产得不到恢复。
依赖有价证券市场
俄罗斯商业银行在减少对产业贷款的情况下，将资产经营的重点放在了有价证券业务上。1997年，有价证券占商业银行资产的比重由年初的28.6%（包括俄罗斯储蓄银行）提高到10月1日的32.8%，1998年1月1日时为31%（不考虑俄罗斯储蓄银行，则三个时期的比重分别为20.1%、24.9%和23.7%）。专门从事有价证券投资的银行数量（投资有价证券占资产比重超过40%，不包括俄罗斯储蓄银行）在1997年1月1日时为248家，1998年1月1日时为243家，没有明显的减少。
为保证所需债务资金的规模，俄罗斯政府不仅对非居民开放了证券市场，而且使政府债券的收益率远远高于其它投资收益，因此，商业银行的有价证券投资重点主要是政府债券。
政府短期债券是俄罗斯商业银行目前最重要的有价证券投资工具。1997年1月1日，俄商业银行资产中政府短期债券投资占9.4%，1998年1月1日，这一比例为9.6%。商业银行通过自营和客户委托进行有价证券投资，一方面保证了资产的安全性和收益性;另一方面由于负债的短期化特征和对实体经济贷款的高风险，商业银行选择投资政府短期债券使资产具有较强的短期性。1998年初，300家俄罗斯最大的银行中，超过40%的银行总资产中国家有价证券的比重不低于10%，12%的银行其总资产中，国家有价证券比重超过了25%。同时，国家短期债券和联邦债券的收益率成为影响俄罗斯商业银行的重要财务指标。
1998年8月，俄政府由于无法支付1000亿美元的到期债务，宣布卢布大幅度贬值，引发金融危机。俄罗斯银行系统由于持有大量短期国债损失惨重。这是一场全局性的、体制性的危机，它造成银行系统全面瘫痪，经济长期衰退。直到1997年才微见曙光的俄罗斯经济又经历了一场浩劫和危机，政局乃至整个社会动荡不安。
俄罗斯政府随后采取停止支付、债务重组和托管破产银行等措施，但由支付危机引发的灭顶之灾仍使整个金融系统濒于瘫痪。这一时期，俄罗斯商业银行资信评级降低到最低级别，整个俄罗斯金融业举步维艰。为此，俄央行成立了银行重组整顿署，负责清理大量资不抵债的商业银行。据俄央行公布的数字，金融危机后至2000年年底除宣布倒闭的金融机构外，共有250家未倒闭的银行因不良资产过多被吊销了许可证，余波至今未平。
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