体制机制改革破冰 上海在医疗持续发展的同时，实现基本医保全覆盖，2007年医保基金支出达179亿元。进入本世纪以来，上海医保基金的支出金额以年平均11%的幅度增长。
2008年底的数据显示，上海全市参加“城镇职工医保”约780万人，主要包括城镇用人单位职工和退休人员；参加小城镇社会保险约140万人，主要包括郊区新建企业职工和失地农民；参加“城镇居民医保”约200万人，主要包括上海市户籍0～18岁少儿、学生，以及城镇户籍非从业人员；参加“农村合作医疗”186万人，主要包括农村的农民及其家庭成员；此外，上海还将57万大学生，包括民办高校生、行业系统办高校生、以及各类高校的高职生纳入了基本医疗保障。
上海各类医疗保障参保纳保人群已经占户籍人口的95%以上。
2005年9月，上海市颁发《关于推进本市市级医疗机构管办分离改革方案》，成立了申康医院发展中心，开展了市级医疗机构管办分离试点。根据改革方案，申康医院发展中心履行国有资产出资人职责。
目前，上海申康医院发展中心所属的市级医院共计23家，2008年实际开放床位1.95万张，占全上海除部队医院以外的所有三级医院的3/4。2009年3月，卫生部与上海市政府签约共建共管在沪卫生部管理医院。申康医院发展中心主任陈建平告诉本刊记者，中心将负责“落地”上海的全部6家公立医院的基础建设投资、学科建设和人才培养投入等。
“医药卫生体制机制的改革是痛苦而又必需的，特别是公立医院改革试点将非常艰难。”复旦大学常务副校长、参与全国和上海医改方案制订的王卫平教授指出，“公立医院出资者和经营者职权不分，缺位、越位等问题严重，医院领导人员结构中都是技术型人才，缺少管理人才，内部的用人、分配、激励等机制也存在许多弊端，上海管办分离的实践是一种有益的探索，将为全国积累宝贵经验。”
在补偿机制改革方面，上海市从2004年起逐步试点推开，到目前各区县己全面推行收支两条线和医保总额预付制改革，覆盖了大部分社区卫生服务中心，对提高社区卫生服务的公益性、控制医疗费用过快上涨、保障社区卫生服务中心正常运行等发挥了积极作用。上海社区就诊的患者中，90%以上是医保病人。通过将公共卫生经费和医保额度的提前下拨，社区医疗机构从过去的自己养活自己，成为医保基金购买服务的实施主体；从“以医养防”，靠种疫苗等收钱，转变为切实承担政府应急和平时防病、保障城市健康和市民安全的公共卫生机构。
长宁区是上海乃至全国收支两条线改革的试点区域之一，区卫生局局长张平告诉本刊记者：“改革很好地扭转了医疗机构和医务人员的趋利行为，提升了社区卫生服务的公益性。同时，我们设置了包括125项内容的基本服务包，不断完善考核和激励机制，不再以营业额而是以服务的质量和老百姓的满意度来考评医务人员，避免出现"干多干少一个样"、"吃大锅饭"的现象。”
上海市的药品“零差率”改革分为两步走：第一步先在郊区农村卫生室推行，第二步在社区卫生服务中心推广。去年10月1日，上海郊区农民在村卫生室就诊可享受基本药品按实际进价收费的优惠。据测算，农民在村卫生室就诊均次费用为26元，门诊诊查费可减免2元，“零差率”后药费少收3元，合作医疗在村卫生室报销80%，这样平均一位农民在村卫生室看一次病只需自付4.2元。
从2008年12月28日起，上海232所社区卫生服务中心全部推行基本药品“零差率”改革举措，社区看病基本药品按照进价销售不加一分钱。一年可减少基层就医患者药费支出1.65亿元。上海市还确定了社区卫生服务中心的基本药品目录，包括166种基本药品，1600多个品规。平均一个区县对社区卫生服务的补偿经费金额为869万元，少的如崇明县和青浦区投入补偿经费约300万元，最多的浦东新区则达到2800万元。
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