关于牛粪的管理问题，现代牧业曾在招股书中写道：“我们各畜牧场每天平均产生约700吨牛粪，全部均经我们于各畜牧场的中央发电系统收集及加工，转为生物气用以发电。继而透过我们的循环系统将余下的牛粪循环再用，以转化为肥料。我们生产的肥料主要用于我们本身的饲料
《每日经济新闻》记者在丹东村现场却看到，倾倒的牛粪没有经过处理，不像在肥东县那样的沼液。丹东村村长杨大宝和现代牧业一内部员工也向记者证实了这一点。
乳业专家：未经处理排放是绝不允许的
乳业专家王丁棉指出，一头奶牛每天约产生50公斤排泄物，以现代牧业一个牧场万头奶牛的规模，如果将未经处理的新鲜牛粪直接投放到农田里，牛粪中的大量有害细菌会对农作物造成严重破坏，这种做法是绝不允许的。
2002年，为鼓励生态养殖，减缓农业面源污染加重的趋势，国家环保总局发布了《畜禽养殖业污染物排放标准》（以下简称 《标准》）。该标准在制订过程中遵循了不破坏受纳环境的原有使用功能；不影响人们的身体健康和正常生活；鼓励生态养殖，减少末端污染物处理量等原则。
《标准》规定，用于直接还田的畜禽粪便，必须进行无害化处理；禁止直接将废渣倾倒入地表水体或其他环境中；畜禽粪便还田时，不能超过当地的最大农田负荷量，避免造成面源污染和地下水污染。
2001年3月，国家环保总局第9号令 《畜禽养殖污染防治管理办法》（以下简称《办法》）第十四条亦对牛粪的处理作出了明确规定：畜禽养殖场应采取将畜禽废渣还用、生产沼气、制造有机肥料、制造再生饲料等方法进行综合利用。用于直接还田利用的畜禽粪便，应当经处理达到规定的无害化标准，防治病菌传播。
万头牧场隐忧：空气污染+疫病
据了解，将牛粪还用、制造有机肥料、制造再生饲料等处理方法，是目前国内外普遍采用的做法，但业内通常认为，要彻底解决牛粪污染问题，目前仍是一个世界难题。
“牛身上的味道就不说了，光是牛放屁排出的二氧化碳，都会给空气带来很大的污染，甚至造成温室效应，即使是在奶牛养殖业最发达的新西兰和澳大利亚也存在这样的问题，甚至引发究竟是发展养殖还是控制养殖的争论。”上海铭泰铭观乳业咨询公司总经理劳兵对《每日经济新闻》记者说。
然而，与现代牧业不同的是，国外几乎没有一个畜牧场的存栏量达到万头规模。“北美一般在1000~2000头，西欧大多在80~100头，不会超过200头，而新西兰恒天然牧场一般也只有两三百头的规模。”东方艾格乳业分析师陈连芳说。
光明乳业（600597.SH）控股子公司上海光明荷斯坦牧业有限公司旗下的20多个牧场，平均每个的存栏量控制在1000头左右。此外，恒天然在华投资兴建的第三个牧场，设计乳牛存栏量也就3200头。
在陈连芳看来，现代牧业给周边环境造成的污染问题，症结就在其引以为傲的万头规模养殖。“养殖规模越大，奶牛高度集中产生的甲烷废气就越多，对空气的污染也就越大。”陈连芳说，国外牧场之所以把规模控制在千头以内，还有一个考虑就是防疫，一旦疫病出现，规模大的牧场损失就更加惨重。万头牧场养殖密度很高，这么多奶牛集中饲养，疫病控制令外界担心。
现代牧业招股书显示，截至2010年6月30日，现代牧业在全中国经营11个畜牧场，总占地面积约3892.84万平方米。11个畜牧场中有10个的设计存栏量为1万头乳牛。
牧场距居住地不足200米
畜牧场的选址与布局也决定了其对周边居民的影响程度。根据卫生部2010年5月发布施行的 《动物防疫条件审查办法》规定，动物饲养场、养殖小区选址应距离城镇居民区、文化教育科研等人口集中区域及公路、铁路等主要交通干线500米以上。种畜禽场应距离生活饮用水源地、动物饲养场、养殖小区和城镇居民区、文化教育科研等人口集中区域及公路、铁路等主要交通干线1000米以上。
据《每日经济新闻》记者现场目测，现代牧业马鞍山牧场距离丹东村不到200米，肥东县牧场的排污口距离村口更是不到50米。在四川，有些村民居家之处距离现代牧业洪雅牧场的直线距离也就二三十米。
十一届全国人大三次会议期间，胡振鹏等30位全国人大代表提出议案，要求加快畜禽规模养殖污染立法。《畜禽养殖污染防治条例》已经列入2010年国务院立法工作计划的二类立法项目，环保部会同农业部已经完成送审稿，于2010年年初上报国务院法制办。
全国人大环境与资源保护委员会认为，当前我国畜禽养殖业发展迅速，带来了建设布局不合理、污染物超标排放严重等问题。该委员会建议，国务院法制办结合代表议案提出的规范、引导、保障畜禽规模养殖产业可持续发展的有关建议对畜禽养殖污染条例审查修改，尽早提交国务院审议。
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