作为国家科技创新体系中最重要的组织和实施单位之一，近年来，中科院的改革与国家科技创新体制改革一样，一直为外界所关注。
在日前举行的中科院2012年度工作会议上，院长白春礼提出，中科院将调整院所资源配比，组合配置人财物资源，取消院重要方向项目，主要根据研究所“一三五”规划，将院级科技创新经费的30%和“百人计划”指标的70%直接配置到研究所，提高基本运行费比例，提高离退休人员经费和研究生培养补助经费保障力度，增强研究所宏观调控能力。
白春礼表示，将通过一系列具体的改革措施，保障科研人员80%时间用于科研工作。而此前，包括中科院在内的我国科研机构的行政化、非科研事务占比等问题，广受诟病。
院所制度再改革
院所关系改革和研究所本身的改革，一直是中科院改革的核心命题，因牵涉众多，亦被认为是事关中科院改革和发展成败的敏感问题。如今中国科学院共拥有12个分院、100家直属研究机构、100多个国家级重点实验室和工程中心以及近千个野外观测台站网络，全院科研人员达5万余人。
白春礼在中科院年度工作报告中提出，中科院将致力于构建充满活力、包容兼蓄、和谐有序、开放互动的创新生态系统，完善现代科研院所制度，建立民主讨论基础上的所长决策制度，充分尊重科技人员的创新自主权。
而事实上，自从中科院成立以来，几乎历次改革都直接与院所关系和研究所的改革密切相关。
早在2007年，中科院当年夏季党组扩大会议原则通过了研究所综合配套改革试点总体实施方案，并决定先期启动中科院计算技术研究所、高能物理研究所和微生物研究所的综合配套改革试点。
此次改革以建立现代科研院所制度为目标，综合考虑科技、科研管理、人力资源管理、知识产权战略、资源配套、科技评价、公共事务管理等问题，系统考虑全院研究所的发展状况，选择不同类型、具有代表性的研究所进行试点。
而在2008年中科院年度工作会议上，首次发布了《中科院研究所综合管理条例》，该条例系统梳理了科研活动管理、人力资源管理、财务与资产管理等各项管理制度，并明确了党委、职代会、所长负责制等一系列民主管理制度。
该条例是中科院院所管理体制变革过程具有重要意义的一个文本，其最大的进步是被认为，明确了院所两级事权办事，充分尊重研究所的自主权，不侵犯研究所法人权责，不干涉研究所内部机构设置和人员配备，不干扰研究所内部事务管理。
在该条例的规定之下，各研究所可以自主制定5-15年的中长期规划，充分论证后报中科院审批。
强化研究所学术委员会作用
四年后，在2012年中科院年度工作会上，白春礼指出，中科院依然存在一些亟待解决的深层次问题。
比如，重大科学原创性成果、关键核心技术和系统集成创新突破还比较少，系统科学认知、提出新的科学思想或系统解决方案的能力还比较弱；领军人才和青年科研骨干仍显不足，队伍结构不尽合理；成果转移转化机制不够完善，与经济和教育结合还不够紧密；资源配置和评价激励不尽合理，科研人员安心致研的制度与文化环境仍需完善等。
而且，白春礼亦对目前研究所研究项目部署呈现碎片化、研究所布局项目存在重复、同质化等问题提出了批评，认为“有一种趋势是研究所拼命争项、无序扩张”。
其中一个例子就是，有30多个研究单位都在进行生物质能的研究，虽然彼此可能有差别，但重复也许难免。对于这样的情况的出现，白春礼认为，有的研究所重视争项目，争到项目后找人，找来人后就得养人，养人就得继续争项目，形成一种“面多加水、水多加面”的恶性循环。
白春礼在其报告中提出，中科院全院研究所要建立规划实施与资源配置、组织管理有机结合的机制，将重大突破和重点培育方向落实到项目、队伍、平台和管理，将创新资源重点配置到重大突破和重点培育方向。
按本次年度工作会议透露的信息，在接下来的改革中，在“民主办院”的大背景下，将专门出台针对研究所学术委员会的相关规定，通过具体的制度设计，加强研究所学术委员会的组织工作，切实发挥学术委员在研究所事务中决策和咨询作用。
白春礼指出，现在有些研究所的学术委员会就是评职称时开一次会，有的就是年底开一次茶话会，没有发挥学术委员会应发挥的作用，怎么用好学术委员会，学术委员如何发挥管理作用，将体现中科院“民主办院”的内涵。
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